Echipajul navei ar fi trebuit să fie vizibil pe punte, dar când căpitanul Dei Gratia, David Morehouse, și oamenii săi s-au îmbarcat pe vas, au găsit-o abandonată în mod straniu.

Scena de la bordul navei Mary Celeste a fost derutantă. Nava era încă în stare bună de navigație, iar încărcătura din cală – 1.701 butoaie de alcool industrial – a rămas în mare parte intactă, deși investigațiile ulterioare au arătat că nouă butoaie erau, în mod misterios, goale. Bunurile personale ale echipajului erau neatinse, iar jurnalul de bord era actualizat, ultima înregistrare fiind făcută cu doar zece zile înainte, la 25 noiembrie 1872. Această însemnare plasa Mary Celeste în apropierea Azorelor, însă nava se afla acum la peste 400 de mile de acea poziție.

De la descoperirea sa, misterul Mary Celeste a stârnit nenumărate teorii, variind de la explicații plauzibile la unele supranaturale. Una dintre cele mai persistente ipoteze sugerează că echipajul s-ar fi temut de o posibilă explozie provocată de vaporii volatili de alcool care se scurgeau din încărcătura aflată sub punte. Se presupune că aceștia ar fi părăsit nava în grabă, folosind barca de salvare, pentru a se îndepărta de un potențial dezastru.

Cu toate acestea, nu au fost descoperite urme de incendiu sau avarii care să indice o explozie, ceea ce face ca această teorie să rămână deschisă dezbaterii.